home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00188 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  55 lines
  1. ***************************************************
  2. * Cytosolic fatty-acid binding proteins signature *
  3. ***************************************************
  4.  
  5. A number of  low molecular  weight proteins which  bind fatty  acids and other
  6. organic anions are present in the cytosol [1,2]. Most of them are structurally
  7. related and  have probably diverged from a common ancestor. The proteins known
  8. to belong to this family are:
  9.  
  10.  - Three, tissue-specific, types of fatty acid binding proteins  (FABPs) found
  11.    in liver, intestine and heart. Heart FABP is  also known as mammary-derived
  12.    growth inhibitor (MDGI),  a  protein that reversibly inhibits proliferation
  13.    of mammary carcinoma cells.
  14.  - Psoriasis-associated fatty acid binding protein homolog (PA-FABP) [3]. This
  15.    protein belongs to the FABP subfamily and is highly expressed in psioriatic
  16.    skin.
  17.  - Adipocyte lipid-binding protein (or 422 protein).
  18.  - Cellular retinol-binding proteins I and II (CRBP).
  19.  - Cellular retinoic acid-binding protein (CRABP).
  20.  - Intestinal 15 Kd protein (I-15P) [4].
  21.  - Fatty  acid  binding  proteins  MFB1 and MFB2 from the midgut of the insect
  22.    Manduca sexta [5].
  23.  
  24. In addition to the above cytosolic proteins, this family also includes:
  25.  
  26.  - Myelin P2 protein, which may be a lipid transport protein in Schwann cells.
  27.    P2 is associated with the lipid bilayer of myelin.
  28.  - Gastrotropin, an extracellular  ileal protein which stimulates gastric acid
  29.    and pepsinogen secretion.  It  seems  that gastrotropin binds to bile salts
  30.    and bilirubins.
  31.  - Schistosoma mansoni protein Sm14 [6] which seems  to  be  involved  in  the
  32.    transport of fatty acids.
  33.  
  34. We use as a signature pattern for these proteins a segment from the N-terminal
  35. extremity.
  36.  
  37. -Consensus pattern: [GSAVK]-x-[FYW]-x-[LIVMF]-x(4)-[NHG]-[FY]-[DE]-x-[LIVMFY]-
  38.                     [LIVM]-x(2)-[LIVMA]
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 3.
  41. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Bernier I., Jolles P.
  44.      Biochimie 69:1127-1152(1987).
  45. [ 2] Veerkamp J.H., Peeters R.A., Maatman R.G.H.J.
  46.      Biochim. Biophys. Acta 1081:1-24(1991).
  47. [ 3] Madsen P.S., Rasmussen H.H., Leffers H., Honore B., Celis J.E.
  48.      J. Invest. Dermatol. 99:299-305(1992).
  49. [ 4] Kanda T., Odani S., Tomoi M., Matsubara Y., Ono T.
  50.      Eur. J. Biochem. 197:759-768(1991).
  51. [ 5] Smith A.F., Tsuchida K., Hanneman E., Suzuki T.C., Wells M.A.
  52.      J. Biol. Chem. 267:380-384(1992).
  53. [ 6] Moser D., Tendler M., Griffiths G., Klinkert M.-Q.
  54.      J. Biol. Chem. 266:8447-8454(1991).
  55.